Το Ε.Κ. Νάξου διαθέτει 15 εργαστήρια κατεύθυνσης που οργανώνονται σε 2 τομείς.
| Εργαστήρια Α΄ Τομέα | Εργαστήρια Β΄ Τομέα |
|---|---|
| ❄️ Εγκαταστάσεων Ψύξης Αερισμού και Κλιματισμού
🔥 Θερμικών Εγκαταστάσεων και Τεχνολογίας Πετρελαίου και Φυσικού Αερίου 🚗 Οχημάτων |
💡 Ηλεκτρολογίας
📡 Ηλεκτρονικών Υπολογιστικών Συστημάτων και Δικτύων 🖥️ Πληροφορικής (Ι, ΙΙ και ΙΙΙ) 🪮 Κομμωτικής Τέχνης |